In der Arbeitsgruppe Eisenreich werden Stoffwechselprozesse und -flüsse durch Markierungsexperimente mit stabilen Isotopen aufgeklärt und quantifiziert. Hierzu wird durch NMR- und MS-Methoden die Verteilung von Isotopologen in Stoffwechselprodukten bestimmt ("isotopologue profiling"). Die Daten geben Aufschluss über den Metabolismus in Bakterien, Archaea, Pflanzen und Tieren und ermöglichen die Entwicklung von neuen Medikamenten und neuen Verfahren in der Biotechnologie. NMR- und MS-Verfahren werden auch eingesetzt zur Aufklärung der Bildung von Biomolekülen unter präbiotischen Bedingungen.